醫學信息學系成立了生物醫學工程學科，這是一門由生物學、自然科學與工程學、醫學等多專業結合的典型的交叉性學科，是多種工程學科向生物醫學滲透的產物。醫學信息學系科研以生物醫學工程學科為依托，從事‘生物信息學’研究，并開設了碩士、博士研究生教育。醫學信息學系研究領域為復雜疾病的生物信息學與計算系統生物學，科研方向：“復雜疾病的生物網絡與通路的模型構建及分析方法研究”。近5年，醫學信息學系主持各類科研課題20余項（獲批科研經費總額300余萬元），其中包含國家自學科學基金面上項目1項、國家自學科學基金青年項目3項、黑龍江省自然科學基金杰出青年項目1項。近5年在國際期刊發表SCI一作或通訊作者論文近30篇,累計影響影子超過180，其中10篇文章單篇影響因子超過10分。